In de 16de eeuw was Antwerpen een belangrijk humanistisch centrum en Plantijn had contact met veel belangrijke humanisten van die tijd. Onder zijn vrienden de gevierde geleerde en humanist Justus Lipsius, de geograaf en kaartenmaker Abraham Ortelius en de schilder Pieter Brueghel de oudere.
Plantijn drukte humanistische werken, waaronder woordenboeken en publicaties over grammatica, maar ook wetenschappelijke boeken van vooraanstaande botanici zoals Clusius, Lobelius en Dodoens. Verder gaf hij ook anatomische, medische en wiskundige werken uit en drukte hij brevieren , missalen, getijdenboeken en bijbels. In 1579 bracht Plantijn de eerste moderne atlas uit, de Theatrum Orbis Terrarum van Ortelius.