Mocht Plantijn binnenstappen in de museumtuin, hij zou ongetwijfeld heel wat planten herkennen. Tot 1577 had hij een eigen tuin in Berchem en gerenommeerde botanici als Rembert Dodoens, Carolus Clusius en Mathias Lobelius behoorden tot zijn beste vrienden.
Bij de heraanleg in 1992 baseerde de ontwerper zich op een model uit die tijd: symmetrische perken omzoomd met buxushagen en grindpaden, en binnenin opgevuld met historische planten. In de vorm van bustes aan de gevel, zien enkele familietelgen dat het hier nog steeds goed toeven is.
In 2025 nam landschapsarchitect Ronald van der Hilst de tuin onder handen. Inspiratie vond hij bij het werk van arts en botanicus Carolus Clusius en de tuinen uit de renaissance. Voor de nieuwe aanplanting werd voedselarm Scheldezand gebruikt. De planten moeten daardoor dieper wortelen, waardoor ze sterker worden. Bijkomende voordelen: met diepe wortels hebben de planten minder bewatering nodig en het zand zorgt ervoor dat de bodem minder snel uitdroogt.